Là người gốc Martinique, Zaïre-Emery là một tuyển thủ trẻ của Pháp. Vào tháng 4 năm 2022, anh đã được chọn cùng đội tuyển U-17 quốc gia Pháp tham dự UEFA U-17 Euro. So với các đồng đội vào thế hệ sinh năm 2005, anh là cầu thủ sinh năm 2006 duy nhất của đội.[18] Tại giải UEFA U17 Euro, Pháp giành chức vô địch giải đấu khi Zaïre-Emery ghi được hai bàn thắng.[19]

Vào tháng 9 năm 2023, Zaïre-Emery lần đầu tiên được triệu tập vào đội tuyển U-21 Pháp bởi huấn luyện viên mới được bổ nhiệm Thierry Henry. Anh trở thành đội trưởng trẻ nhất của Les Espoirs sau ba mươi năm khi Henry đã chọn anh làm đội trưởng trong trận đấu với Đan Mạch và Slovenia.[20]